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Grupo de bioinformática da UNIRIO estabelece convênio com universidade alemã

07 dezembro, 2013

O Grupo de Bioinformática e Biologia Computacional do Instituto Biomédico da UNIRIO integra projeto aprovado no último edital do Programa Probral, da Capes, que apoia trabalhos desenvolvidos em conjunto por pesquisadores brasileiros e alemães. O Programa viabilizará um convênio de dois anos entre a Universidade Göttingen (Alemanha), a UNIRIO e a Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), proponente do projeto.

Denominada “Associações funcionais entre Sod1 mutantes, estresse oxidativo e fatores de risco de FALS utilizando biologia computacional, Saccharomyces cerevisiae e linhagens celulares animais como modelos de estudo”, a pesquisa busca investigar alterações em organismos de portadores de esclerose lateral amiotrófica.

Segundo a coordenadora do Grupo, professora Joelma Freire de Mesquita, a doença é causada pela mutação do gene Sod1. “No entanto, há mais de 100 mutações descritas para esse gene”, salientou. “Nosso trabalho é simular essas mutações em computador, para descobrir qual a alteração estrutural que cada uma delas causa na proteína. A partir da maior compreensão da doença, podem surgir novos tratamentos.”

Parceria
O grupo da Universidade Göttingen envolvido no projeto desenvolve pesquisas na área de neurodegeneração – caso da esclerose lateral amiotrófica. O convênio prevê intercâmbio de alunos de doutorado e pós-doutorado entre a universidade alemã e as instituições brasileiras. Os professores também farão viagens para participar de palestras e discussões no Brasil e na Alemanha. 

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Mecanismo Contra Agregação Proteica

27 abril, 2012

O surgimento do oxigênio e do metabolismo aeróbico na Terra permitiu aos seres vivos aproveitar a energia dos alimentos de forma muito mais eficiente. Essa conquista evolutiva, porém, teve um preço: deixou as células sujeitas à ação de substâncias oxidantes.

Esses subprodutos da respiração aeróbica interagem com proteínas, lipídios, carboidratos e ácidos nucleicos fazendo com que essas macromoléculas percam sua função. Tal processo pode levar à morte celular e, nos seres mais complexos como os humanos, ser a base de doenças como câncer, artrite, aterosclerose, Parkinson e Alzheimer.

Mas os organismos, felizmente, desenvolveram mecanismos para se proteger dos danos oxidativos. Um deles foi recentemente descoberto por pesquisadores brasileiros e mereceu destaque na capa da revista Antioxidants & Redox Signaling , uma das mais importantes na área.

O estudo, financiada pela FAPESP na modalidade Auxílio à Pesquisa Regular e coordenada pela pesquisadora Marilene Demasi, do laboratório de Bioquímica e Biofísica do Instituto Butantã, mostrou a estratégia usada pela célula da levedura Saccharomyces cerevisiae para acelerar a degradação de proteínas oxidadas.

“Além de perder função, a proteína danificada por substâncias oxidantes tende a se agregar e hoje sabemos que isso é a causa de diversas neuropatologias. A melhor defesa das células é degradar essas moléculas”, explicou Demasi.

A missão de livrar as células de proteínas indesejadas, sejam elas oxidadas ou não, cabe a um complexo proteico chamado proteassomo. “Ele regula diversas funções, como a resposta a estímulos internos e externos, a divisão e a morte celular. Essa regulação é feita por meio da degradação das proteínas envolvidas em todos esses processos”, explicou Demasi.

Esse sistema, contou a pesquisadora, se mantém ao longo da cadeia evolutiva em todos os organismos eucarióticos, ou seja, que possuem células com núcleo isolado do citoplasma por uma membrana e diversas organelas. Está presente, portanto, desde seres unicelulares até plantas e animais.

“Sabíamos que em situações de estresse oxidativo o proteassomo passa por um processo chamado glutatiolação e queríamos entender o motivo. A pesquisa mostrou, pela primeira vez, que o proteassomo glutatiolado é capaz de degradar as proteínas oxidadas com maior velocidade e menor gasto energético para célula”, contou Demasi.

A glutatiolação, explicou a pesquisadora, é um tipo de modificação oxidativa que afeta os resíduos do aminoácido cisteína existentes no proteassomo. “Mas esta é uma modificação oxidativa não deletéria e reversível, que funciona como mecanismo de proteção da célula”, afirmou.

Abrindo os portões

Para que o proteassomo reconheça as proteínas a serem eliminadas durante os processos normais de regulação celular, esses alvos são marcados com uma outra proteína chamada ubiquitina. Os cientistas sabiam, no entanto, que quando se tratava de degradar proteínas oxidadas essa sinalização era desnecessária.

Para entender exatamente o que ocorre dentro do proteassomo, os pesquisadores recorreram à microscopia eletrônica de transmissão e à uma técnica conhecida como small angle X-ray scattering (SAXS), desenvolvida pela equipe do professor Cristiano de Oliveira, do Instituto de Física da USP. 

O método permite analisar a molécula em solução e fazer medidas a partir de modelagem estrutural.
“O proteassomo tem uma estrutura cilíndrica, com abertura nas extremidades. Mas essas entradas normalmente ficam fechadas. Conseguimos mostrar que, quando o proteassomo está glutatiolado, esses portões se abrem permitindo a entrada da proteína oxidada”, contou Demasi.

Também foi possível confirmar, por meio da espectometria de massa, que apenas duas das 32 cisteínas existentes no proteassomo sofrem glutatiolação - e justamente aquelas relacionadas à abertura e ao fechamento da câmera catalítica, que é o local onde as proteínas entram para serem degradadas. Essa parte do trabalho foi feita em colaboração com a equipe do professor Fabio Gozzo, da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp).

“Uma das duas cisteínas que encontramos glutatioladas é altamente conservada ao longo da cadeia evolutiva, ocorrendo desde a levedura até o homem”, ressaltou Demasi. “Esse é um resultado muito importante, pois ninguém havia mostrado antes que o proteassomo sofre regulação redox.”

O trabalho foi realizado no âmbito do Projeto Temático " Aspectos biológicos de tióis: estrutura protéica, defesa antioxidante, sinalização e estados redox ", coordenado pelo biólogo Luis 

Eduardo Soares Netto, do Instituto de Biociências da USP.
Demasi e Netto também são ligados ao Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia (INCT) de Processos Redox em Biomedicina (Redoxoma). 

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Genes do Envelhescimento

01 julho, 2011

Diferentemente de uma célula sadia, a cancerígena não entra em senescência, ou seja, não envelhece. Uma nova pesquisa, com resultados publicados nesta sexta-feira (1º/7) na revista Science, identificou dois genes que estão envolvidos nessa maior durabilidade das células cancerígenas.

O estudo foi feito por cientistas nos Estados Unidos em parceria com duas cientistas brasileiras: a pesquisadora Sueli Mieko Oba-Shinjo e a professora Suely Kazue Nagahashi Marie, do Departamento de Neurologia da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP).

O envelhecimento celular é determinado pelo mecanismo molecular caracterizado pelo encurtamento do telômero – parte da sequência de DNA que protege as extremidades dos cromossomos.

Nesse mecanismo, os telômeros ativam a enzima telomerase, que provoca seu encurtamento. Mas isso não ocorre em células cancerígenas, uma vez que elas não produzem essa enzima.

O estudo revela uma nova via em células cancerígenas – independente da telomerase – para a manutenção do comprimento do telômero.

O trabalho identificou, por meio de uma técnica de marcação histológica molecular chamada “hibridização in-situ com marcadores fluorescentes específicos de telômeros” (FISH, em inglês), dois genes encontrados com alta frequência em tumores, denominados ATRX e DAXX. Esses genes são responsáveis por manter o comprimento dos telômeros, evitando o envelhecimento das células cancerígenas.

“Alguns dos mecanismos das células cancerosas são o aumento da proliferação, da migração e a ausência da apoptose [morte celular programada ou renovação celular]”, disse Marie à Agência FAPESP.

Segundo ela, nos genes ATRX e DAXX foram detectadas mutações – por sequenciamento ou por imunomarcação – em alguns tipos de câncer. “Todos os genes com uma grande alteração na sequência tinham o telômero mais preservado, o que justifica um dos mecanismos do processo de câncer”, contou.

Essa mutação foi detectada pela primeira vez em carcinomas de pâncreas, como descreve o artigo na Science. Mas o grupo também identificou a mutação em outros 447 tipos de câncer, entre deles o glioblastoma multiforme – tumor maligno que ataca o sistema nervoso central e atinge tanto crianças como adultos – e o oligodendroglioma – que também ataca o sistema nervoso e tem origem na célula oligodendroglial.

Para os pesquisadores, o objetivo a ser atingido com esses marcadores é o de detectar a doença o quanto antes para que seja possível evitar o crescimento do tumor sólido.

“Essas são mutações genéticas que só existem nos tumores. Se conseguirmos rastreá-las durante a evolução do paciente será possível saber, precocemente, se o tumor voltou ou se está crescendo”, disse Marie. Esse conhecimento poderá ser aplicado em novas terapias contra o câncer.

O estudo foi liderado por cientistas do Departamento de Patologia do Johns Hopkins Medical Institutions, em Baltimore.

Projeto Temático

Marie atua há mais de dez anos na área de genômica e coordenou diversos projetos de pesquisa apoiados pela FAPESP, entre eles o Temático recém- concluído "Procura de marcadores moleculares relacionados ao diagnóstico e prognóstico de tumores do sistema nervoso central".

O artigo que acaba de sair na Science é a terceira publicação na revista resultante de trabalhos desenvolvidos pela rede de pesquisas criada a partir do Projeto Temático e que envolve, no Brasil, além do Departamento de Neurologia da FMUSP, o Hospital do Câncer, em Barretos, a Universidade Federal de São Paulo (Unifesp) e a USP de Ribeirão Preto.

Os artigos Integrated Genomic Analysis of Human Glioblastoma Multiform, de 26 de setembro de 2008 (doi: 10.1126/science.1164382), e The Genetic Landscape of the Childhood Cancer Medulloblastoma, de 28 de janeiro de 2011 (doi: 10.1126/science.1198056), descrevem os resultados obtidos pelas pesquisas do grupo com a identificação de marcadores para o diagnóstico precoce de câncer, realizadas em colaboração com instituições nos Estados Unidos.

O novo artigo, Altered Telomeres in Tumors with ATRX and DAXX Mutations (doi: 10.1126/science.1207313), de Sueli Mieko Oba-Shinjo, Suely Kazue Nagahashi Marie e outros, pode ser lido na revista Science.

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